En attendant la fin des travaux, un plan de transport de substitution par autocars a été mis en place. Mis en œuvre par la SNCF entre La Roche-sur-Yon et La Rochelle et desservant également la gare de Luçon, il a été conçu en étroite collaboration avec les autorités organisatrices des transports, soit l’État pour les trains Intercités et la Région des Pays de la Loire pour les trains TER. En remplacement des trois relations Intercités existantes et d’un unique aller-retour TER, la nouvelle desserte comprend six allers-retours par autocars du lundi au vendredi. Si les temps de parcours sont quasiment identiques pour les deux allers-retours directs Nantes-La Rochelle (de l’ordre de 2 h 30 à 2 h 40), ils sont, en revanche, plus élevés pour les autres dessertes. Le différentiel est d’environ 45 à 55 minutes.