La croissance du trafic régional se poursuit en Alsace dans le sillage de l’arrivée du TGV en juin 2007. Au premier trimestre 2008, cette progression s’élevait à + 9,8 % (contre 7 % en 2007). En douze ans, de 1997 à 2008, le nombre de trains est passé de 330 à 664, et le trafic a été multiplié par deux (+ 95 %).
L’épine dorsale du réseau, la ligne TER 200 Strasbourg/Bâle, représente 323,7 millions de voyageurs par kilomètre (+ 5,9 %). Il reste toutefois à adapter la qualité du service à cette croissance. Si le taux de régularité s’est situé à 94,3 % en 2007 (pour une moyenne nationale de 90,6 %), il reste fragile en raison de la densité de circulation qui entraîne des retards en chaîne au moindre incident. Remonté à 95,6 % pour les deux premiers mois de 2008, il a replongé de 7 % sur les TER 200 suite à un déraillement en mars. Marie-Pierre Meynard, directrice régionale de la SNCF, a promis de développer "une culture de l’information" des agents dans les perturbations. Les charges d’exploitation courantes s’élèvent à plus de 170 millions d’euros, et les recettes de trafic à 48 millions d’euros (+ 10,3 %), ce qui couvre 28 % des charges. Avec la stagnation des dotations de l’État, l’effort financier régional a plus que doublé en cinq ans pour dépasser les 20 millions d’euros.
Afin d’optimiser les interventions d’entretien du réseau et limiter les interruptions de circulation, la SNCF et RFF ont adopté un plan dit de "massification". En mars, les premières rames TER 200 réversibles à sept voitures sont entrées en service. En juillet, toutes les rames le seront. Pour faire face à l’augmentation prévisible du trafic, la région a aussi commandé 14 autorails AGC supplémentaires livrables en 2009-2010.