Comme la rocade, le fleuve est un thème omniprésent dans la campagne. Nicolas Florian veut même le consacrer « 9e quartier de la ville », avec un élu et une équipe affectée. Il promet d’investir 30 millions d’euros à la construction de neuf nouveaux pontons sur la Garonne. Objectif: développer le réseau des BatCub, bateaux intégrés au réseau urbain TBM et faisant la navette entre les deux rives de la Garonne. Autre objectif pour le maire sortant: un nouveau pont sur la Garonne entre Bassens, au nord de l’agglomération, et la zone d’activité de Bordeaux Nord, afin de « revitaliser cette zone, où seraient aussi reliées deux lignes du tram pour mieux desservir le quartier ».
Dans la même veine, Thomas Cazenave veut créer de nouvelles liaisons fluviales renforçant les passages de rive à rive, pour permettre aux piétons et cyclistes de franchir le fleuve sans passer par un pont. Autre proposition: créer un nouveau moyen de transport, « les barges « quai à quai », qui permettront aux piétons et cyclistes de traverser la Garonne en ligne droite et en 5 minutes ». Contrairement à Nicolas Florian, il souhaite, lui, remplacer les deux BatCub « par une véritable nouvelle ligne fluviale, avec une flotte de bateaux hybrides et électriques à deux entrées: piétons et vélos. Ils pourront transporter 60 à 80 passagers et fonctionneront en rotation permanente en remontant et descendant la Garonne, avec une fréquence de passage toutes les 5 à 10 minutes ».
Pierre Hurmic est sur une lignée similaire en proposant « d’augmenter le nombre de lignes de navettes fluviales adaptées au transport des vélos, avec une plage horaire plus large le matin et le soir et des fréquences accrues ». Il propose également de créer une nouvelle ligne Bassens-Bordeaux, de mettre en place une liaison cadencée entre les deux rives de la Garonne, d’augmenter les cadences des BatCub (passer de deux Batcub à six), et de construire de nouveaux pontons plus adaptés. Enfin, il envisage d’expérimenter avec le Port autonome et le Syndicat mixte Nouvelle-Aquitaine Mobilités « une offre de liaisons fluviales rapides: Blaye-Bordeaux, Pauillac-Bordeaux, Cadillac-Bordeaux, par exemple ».